El ICMyL publica los Anales del Centro de CMyL, Publicaciones Especiales y los Anales del ICMyL resultado del trabajo académico que ha dado origen a un gran número de publicaciones en diversas revistas nacionales e internacionales. Una gran parte de los artículos científicos se publicaron en los Anales del Instituto de Ciencias del Mar y Limnología, los cuales constituyen un acervo de suma trascendencia en el desarrollo de las ciencias acuáticas en México.
El Instituto de Ciencias del Mar y Limnología realiza investigaciones científicas originales en diversas disciplinas de las Ciencias del Mar y de la Limnología como: Oceanografía Física, Química, Biológica y pesquera, Geológica y Limnología por mencionar algunas.
